Mengenal Istilah Genom untuk Memetakan Virus Corona di Dunia

Jakarta, CNN Indonesia -- Lembaga Biologi Molekuler Eijkman kembali mengirim hasil pengurutan seluruh genom atau whole genome sequencing (WGS) virus corona SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari pasien di Indonesia ke lembaga global GISAID.

GISAID sendiri merupakan institusi yang dibuat oleh Pemerintah Jerman dan Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) Internasional untuk mempelajari data genetika virus. Lembaga tersebut terbiasa melakukan studi ribuan genom virus atau mikroba penyebab wabah dunia, termasuk saat ini virus corona Covid-19.

Menggunakan alat Next-Generation Sequencing (NGS), tim LBM Eijkman berhasil mengurutkan genom isolat virus yang berasal dari pasien terkonfirmasi positif Covid-19 di Indonesia.

LBM Eijkman mengklaim data awal dari isolat pasien di Indonesia sangat bermanfaat bagi penelitian lanjutan terkait epidemiologi (bagaimana virus berevolusi dan menyebar), pengembangan vaksin, dan obat antivirus.

Lihat juga: 13 Genom Pasien Virus Corona RI Dikirim ke GISAID

Pengertian Genom atau WGS

Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit Amerika Serikat (CDC), dalam laman resminya menjelaskan genom atau WGS adalah prosedur laboratorium untuk menentukan urutan basa dalam genom suatu organisme dalam satu proses.

WGS menyediakan sidik jari DNA yang sangat tepat yang dapat membantu menghubungkan kasus satu sama lain sehingga memungkinkan wabah terdeteksi dan dipecahkan lebih cepat.

Langkah pertama untuk melakukan WGS pada bakteri misalnya, ilmuwan harus terlebih dahulu melakukan ekstraksi dengan mengambil sel bakteri untuk kemudian diberikan bahan kimia yang bertujuan untuk melepas DNA. Setelah itu, DNA dimurnikan.

Kedua, DNA dipotong menjadi fragmen, baik dengan menggunakan enzim 'molecular scissors' atau gangguan mekanis. Ketiga, ilmuwan membuat banyak salinan dari setiap fragmen DNA menggunakan proses yang disebut polymerase chain reaction (PCR).

Kumpulan fragmen yang dihasilkan dalam mesin PCR disebut 'perpustakaan DNA'.

Lihat juga: Eijkman Ungkap Perjalanan Virus Corona dari China ke RI

Setelah tindakan ketiga dilakukan, perpustakaan DNA dimuat ke sequencer. Kombinasi nukleotida (A, T, C, dan G) yang membentuk masing-masing fragmen DNA ditentukan dan setiap hasil disebut 'DNA read'.

Terakhir, sequencer menghasilkan jutaan pembacaan DNA dan program komputer khusus digunakan untuk menyatukannya dalam urutan yang benar seperti potongan-potongan puzzle.

Ketika selesai, urutan genom yang mengandung jutaan nukleotida (dalam satu atau beberapa potongan besar) siap untuk analisis lebih lanjut.

WGS berbeda dengan pengujian DNA, yang hanya menentukan kemungkinan suatu bahan genetik berasal dari individu atau kelompok tertentu dan tidak mengandung informasi tambahan tentang hubungan genetik, asal atau kerentanan terhadap penyakit tertentu.

WGS diketahui sudah digunakan sebagai alat penelitian di berbagai pusat kesehatan, termasuk klinik. Seluruh data urutan genom disebut dapat menjadi alat penting untuk memandu terapeutik atau hasil penanganan medis yang sesuai dengan apa yang diinginkan.

Lihat juga: Virus Bermutasi, Alat Deteksi Corona Khusus Warga RI Mendesak

(jps/dal)