Peneliti Klaim Temukan Kunci untuk Buat Vaksin Virus Corona

Sekelompok peneliti dari berbagai universitas di dunia telah bekerja bersama untuk menghasilkan model atom open-source pertama dari seluruh protein Spike virus corona SARS-CoV-2 (Covid-19). Protein S diketahui memfasilitasi masuknya virus ke dalam sel inang.

Para peneliti mengatakan temuan itu sangat penting karena protein S memainkan peran sentral dalam masuknya virus ke dalam sel, menjadikannya target utama untuk pengembangan vaksin dan obat antivirus.

Melansir Eureka Alert, peneliti telah membuat sistem membran dari model protein S SARS-CoV-2. Peneliti Departemen Ilmu Biologi dan Bioteknologi Universitas Lehigh, Wonpil Im menggunakan sebuah program ernama CHARMM-GUI yang dapat mensimulasikan sistem biomolekul kompleks secara sederhana, tepat, dan cepat.

CHARMM-GUI yang diklaim sebagai mikroskop komputai itu memungkinkan para ilmuwan untuk memahami interaksi tingkat molekuler yang tidak dapat diamati dengan cara lain.

"Tim kami menghabiskan waktu berhari-hari untuk membangun model ini dengan sangat hati-hati dari bagian struktur yang dikenal cryo-EM. Pemodelan sangat menantang karena ada banyak daerah yang mana pemodelan sederhana gagal menyediakan model berkualitas tinggi," ujar Im.

Im berkata para ilmuwan dapat menggunakan model untuk melakukan penelitian simulasi yang inovatif dan baru untuk pencegahan dan pengobatan Covid-19.

Melansir Phys.Org, peneliti menyebut struktur protein S ditentukan dengan cryo-EM dengan RBD naik (PDB ID: 6VSB) dan dengan RBD turun (PDB ID: 6VXX). Namun, mereka berkata model itu memiliki banyak residu yang hilang.

Sehingga, mereka memodelkan residu asam amino yang hilang dan kemudian domain yang hilang lainnya. Selain itu, mereka memodelkan semua glycan potensial (atau karbohidrat) yang melekat pada protein S.

Dalam penelitian yang diterbitkan di The Journal of Physical Chemistry B, glycans itu diklaim mencegah pengenalan antibodi yang membuatnya sulit untuk mengembangkan vaksin. Mereka juga membangun sistem membran virus dari protein S untuk simulasi dinamika molekul.