Cara Ahli Menelusuri Varian Omicron yang Bikin Gempar Dunia

CNN Indonesia
Jumat, 03 Dec 2021 14:15 WIB
Penemuan itu menimbulkan kekhawatiran para ahli, dan resah menghadapi gelombang covid-19 selanjutnya Ilustrasi varian omicron. (Foto: iStockphoto/DMEPhotography)
Jakarta, CNN Indonesia --

Para peneliti laboratorium di Lancet Laboratories di Pretoria, Afrika Selatan, menemukan gen yang tidak biasa dalam sampel uji virus corona pada awal November 2021.

Sebuah gen diketahui hilang dalam profil genom normal virus. Ahli semakin merasa aneh, tes PCR disebut tidak bisa mendeteksi virus corona tersebut. Saat itu mereka menduga terjadi mutasi virus corona.

Hanya beberapa hari kemudian, fenomena yang sama juga dilaporkan di Departemen Patologi Molekuler Lancet di Johannesburg.


Ahli patologi Lancet, Allison Glass mengatakan penemuan itu bertepatan dengan peningkatan kasus positif Covid-19 di beberapa bagian Afrika Selatan.

Di Provinsi Gauteng, kurang dari 1 persen warga positif Covid-19 pada awal November, tetapi kemudian naik menjadi 6 persen dalam dua minggu dan menjadi 16 persen beberapa hari kemudian.

Penemuan itu menimbulkan kekhawatiran para ahli, dan resah menghadapi gelombang covid-19 selanjutnya. "Pikiran pertama kami adalah Desember kami tenang dan liburan Natal," kata Glass mengutip CNN, Jumat (3/12).

Tiga minggu kemudian, para ilmuwan menyimpulkan varian Omicron mutasi dari virus corona penyebab lonjakan covid-19 di Afrika Selatan yang kini menjadi kekhawatiran baru di dunia.

Lonjakan positif Covid-19 di Gauteng pun tak luput dari perhatian Network for Genomics Surveillance in South Africa (NGS-SA).

Direktur NGS-SA Tulio de Oliveira, mengadakan pertemuan untuk tanggal 23 November. Dia mengatakan bahwa satu anggota di Lancet Laboratories, telah melaporkan enam genom virus corona telah bermutasi.

"Dan, ketika kami melihat genom, kami cukup khawatir karena mereka menemukan kegagalan salah satu gen dalam pengujian PCR," tuturnya.

Asal usul mutasi Omicron

Sampai saat ini, kemunculan Omicron pertama kali masih belum diketahui. Tidak ada "Pasien Nol" yang dapat diidentifikasi, atau orang pertama yang diketahui telah terinfeksi varian tersebut. Ahli pun tidak bisa menduga-duga asal mula virus corona varian Omicron tersebut.

"Kami tidak dapat menilai dari mana Omicron berasal. Kasus pertama dikenali dan diidentifikasi di Botswana dan kemudian di Afrika Selatan," kata Nkengasong direktur CDC Afrika.

Trevor Bedford, dari Departemen Epidemiologi di University of Washington, mengatakan di Twitter bahwa berdasarkan analisis genom dari Botswana dan Afrika Selatan, varian Omicron kemungkinan muncul jauh lebih awal daripada yang ia ketahui. Ia menduga muncul pada awal Oktober 2021.

Kristian G. Andersen, seorang ahli virologi di Andersen Lab di California memiliki asumsi yang sama. Ia mengatakan pihaknya dapat memperkirakan bahwa berdasarkan keragaman genome sequencing, Omicron ditemukan pada pertengahan Oktober.

Ia menjelaskan ada pula peningkatan tajam yang terdeteksi dalam air limbah di daerah Pretoria pada akhir Oktober dan awal November.

Sejauh ini, para ahli virologi mengaku mereka sedang berurusan dengan informasi yang sangat "minim" saat ini terkait mutasi varian Omicron.

Ditularkan melalui perjalanan

Sebagian besar kasus positif Omicron yang berhasil dilacak hingga akhir November, melibatkan orang yang melakukan perjalanan dari atau melalui Afrika Selatan, atau dari Mozambik, Malawi, Botswana, dan Namibia.

Misalnya pada 11 November, empat orang asing yang meninggalkan Botswana dinyatakan positif virus corona. Ia kemudian melakukan tes pada 24 November dan menurut Kementerian Kesehatan Botswana menyatakan positif varian Omicron.

Selain itu pada 11 November, seorang pria berusia 36 tahun dari Hong Kong tiba di rumah dari perjalanan 20 hari ke Afrika Selatan, bepergian melalui Qatar. Dua hari kemudian, saat dikarantina, dia dinyatakan positif dan hasil genome sequencing terkonfirmasi terpapar varian Omicron.

Sementara beberapa pelancong dari Afrika selatan diduga membawa varian Omicron tersebut berdasarkan temuan.

Di satu sisi, seorang wanita Belgia yang telah melakukan perjalanan ke Mesir melalui Turki. Dia tiba di rumah pada 11 November dan dites positif untuk varian Omicron 10 hari kemudian.

Beberapa kasus yang dikonfirmasi di Kanada merupakan pelancong dari Nigeria. Kasus yang diidentifikasi di Arab Saudi pada 1 Desember adalah seorang pelancong dari Afrika utara. Hasil ini membuktikan virus varian Omicron telah mencapai Eropa sejak November.

Sedangkan di Belanda, lembaga kesehatan RIVM mengumumkan penemuan Omicron dalam sampel pada tanggal 19 dan 23 November.

Kedua sampel itu ditemukan seminggu lebih awal sebelum penumpang penerbangan KLM yang tiba dari Johannesburg. Ini diidentifikasi sebagai kasus Omicron pertama yang diketahui di negara tersebut.

"Belum jelas apakah orang-orang yang bersangkutan [dalam kasus-kasus sebelumnya] juga pernah ke Afrika selatan," kata RIVM.

Ahli di Eropa terus meneliti varian Omicron. Untuk saat ini varian Delta tetap menjadi strain yang dominan, terhitung 99,8 persen dari sequencing global yang diunggah ke database GISAID. Namun di Afrika Selatan, mengalami peningkatan infeksi Omicron.

(can/mik)


[Gambas:Video CNN]
TOPIK TERKAIT
ARTIKEL TERKAIT
BACA JUGA
Lihat Semua
SAAT INI
BERITA UTAMA
REKOMENDASI
TERBARU
LAINNYA DI DETIKNETWORK
LIVE REPORT
LIHAT SELENGKAPNYA
TERPOPULER