Meski tahapan pilkada sudah berjalan, namun menurut sebagian pakar dan ahli tetap menyarankan penundaan pilkada serentak 2020. Hal tersebut, tak lepas dari dampak pandemi Covid-19 di Indonesia, yang dinilai masih belum mampu dikendalikan penyebarannya oleh pemerintah.
Pemerintah memastikan tetap akan menggelar pilkada serentak 2020 dan dilakukan dengan disiplin protokol kesehatan ketat. Juru bicara presiden Fadjroel Rachman diberitakan sudah berjanji akan ada penegakan hukum dan sanksi tegas agar tidak terjadi kluster penyebaran Covid-19 saat pilkada.
Namun peneliti Network for Democracy and Electoral Integrity (NEGRIT), sekaligus mantan komisioner KPU periode 2012 hingga 2017 Hadar Gumay menyarankan agar pelaksanaan pilkada serentak 2020 ditunda.