Data dari satgas penanganan Covid-19 Provinsi Papua, hingga 6 Oktober menunjukkan delapan orang terkonfirmasi positif Covid-19 yang terdiri atas atlet, ofisial, dan panitia pelaksana PON. Satgas penanganan Covid-19 Papua telah meminta panitia pelaksana cabang olahraga di setiap venue, meningkatkan penerapan protokol kesehatan.