Pimpinan tertinggi khilafatul muslimin, Abdul Qadir Hasan Baraja, resmi jadi tersangka dalam kasus tindak pidana pelanggaran undang undang organisasi massa yang bertentangan dengan pancasila.
Selama beroperasi, ormas ini juga disinyalir berencana mengganti dasar negara pancasila dengan sistim khilafah.