Setelah melakukan penangkapan dan pemeriksaan, Polda Jawa Tengah menetapkan 13 orang pengikut kelompok Khilafatul Muslimin sebagai tersangka.
Dalam aktivitasnya, mereka diduga melakukan upaya makar, penyebaran berita bohong, hingga menyalahi Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional.