Pondok pesantren yang selama ini dikenal dengan pembelajaran agama yang kental banyak yang telah bertransformasi dalam mengembangkan bidang keilmuan. Di Sukoharjo, Jawa Tengah sebuah pesantren memberikan ekskul ilmu astronomi bagi para santri. Sedangkan di Kudus ada pondok pesantren yang memberikan pembelajaran untuk anak berkebutuhan khusus.