Majelis ulama Indonesia Indramayu menilai syariat dan ibadah yang diajarkan di pondok pesantren Al-Zaytun tidak sesuai dengan ajaran Islam pada umumnya. MUI Indramayu mengimbau masyarakat untuk tidak mengikuti pendidikan di Al-Zaytun. Desakan agar Ponpes Al-Zaytun dibubarkan juga datang dari majelis permusyawaratan pengasuh pesantren se-Indonesia di kabupaten, Lebak, Banten.