Salah satu kontroversi Pesantren Al Zaytun, karena para santrinya terekam menyanyikan lagu berbahasa Ibrani, bahasa yang digunakan Israel.
Ditemani perwakilan pengurus Al Zaytun, koresponden CNN Indonesia, Rully Kurniawan, mendengar langsung nyanyian ini di dalam ponpes dengan para santri disana.