Nama Panji Gumilang dan pondok Pesantren Al Zaytun terus menjadi polemik. Terungkap, berdirinya pondok Pesantren Al Zaytun ternyata diinisiasi organisasi radikal, negara Islam Indonesia. Di sisi lain, Panji Gumilang memuji setinggi langit kepada pemerintah Indonesia, karena menggelontorkan dana bantuan 43 miliar rupiah setahun, untuk biaya operasional pesantren Al Zaytun.