Pasca penetapan tersangka dan penahanan Panji Gumilang, polemik kembali muncul, siapa yang bakal mengurus ribuan santri pondok Pesantren Al-Zaytun.
Pihak Al-Zaytun yang merupakan anak buah Panji Gumilang bersikeras, tetap mengurus pondok pesantren. Sementara pemerintah menyerahkan pembinaan ke kementerian agama.