Meski tak sepopuler Masjid Ampel, yang memiliki jemaah dan peziarah yang mencapai ribuan setiap hari, Masjid Peneleh Surabaya sama-sama memiliki nilai historis tinggi. Masjid Peneleh juga dibangun oleh Raden Rahmat atau Sunan Ampel. Bahkan masjid ini dibangun lebih dulu, atau berumur lebih tua dari Masjid Ampel. Masjid Peneleh dipercaya dibangun ketika Sunan Ampel melakukan perjalanan menuju Ampel Denta, yang dikenal sebagai kawasan Ampel saat ini. Sunan Ampel konon singgah di Peneleh, setelah melakukan perjalanan dari Majapahit.