Oxford Nanopore, Cara LIPI Baca Sekuens Genom Corona di RI

CNN Indonesia | Senin, 31/08/2020 07:12 WIB
LIPI mengklaim sebagai pihak pertama yang menggunakan teknologi Oxford Nanopore di Indonesia. Ilustrasi LIPI. (CNN Indonesia/Adhi Wicaksono)
Jakarta, CNN Indonesia --

Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) mengklaim telah mengurutkan sekuens genom utuh atau Whole Genome Sequencing (WGS) dari dua sampel virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari Indonesia.

Kepala Laboratorium Biosafety Level-3 Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI, Ratih Asmana Ningrum, menyatakan, pihaknya menggunakan teknologi Oxford Nanopore untuk melakukan sekuens genom sampel virus itu.

"Kami menggunakan platform oxford nanopore technology. Untuk data virus SARS CoV-2 asal Indonesia, kami yang pertama menggunakan teknologi ini di Indonesia," ujar Ratih kepada CNNIndonesia.com, Minggu (30/8).


Ratna menuturkan Oxford Nanopore menggunakan prinsip kerja lubang berskala nano. Perangkat itu melewatkan arus ionik melalui pori-pori nano dan mengukur perubahan arus saat molekul biologis melewati pori-pori tersebut.

Informasi tentang perubahan arus, kata Ratih, kemudian dapat digunakan untuk mengidentifikasi molekul.

"Jika untai DNA dilewatkan melalui nanopore, terjadi perubahan arus saat basa G, A, T dan C melewati pori dalam kombinasi yang berbeda," ujarnya.

Ratih berkata pengukuran arus tersebut menjadi dasar penentuan urutan basa dalam suatu sekuens. Namun, dia tetap menegaskan diperlukan pengolahan data secara bertahap sehingga dapat diperoleh urutan genom lengkap dari suatu organisme.

Ratih menambahkan teknologi Oxford Nanopore memiliki banyak keunggulan, antara lain waktu pengerjaan cepat dan fleksibel, instrumen bersifat portabel dan berukuran mini, serta harga instrumen rendah. Meski begitu dia menyebut penggunaan platform itu masih sangat terbatas.

"Salah satu faktor pembatasnya adalah kurangnya sumber daya manusia yang terampil dalam menggunakan teknologi tersebut," ujar Ratih.

Terkait masalah itu, LIPI mendorong penguasaan teknologi tersebut untuk membantu menghasilkan data genom virus SARS-CoV-2 lebih cepat sehingga Indonesia memiliki lebih banyak informasi genom virus yang sangat dibutuhkan pada masa pandemi ini.

Sebelumnya LIPI berhasil mengurutkan sekuens genom utuh dua sampel virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari Indonesia. Hasil sekuens itu telah diunggah ke Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID), lembaga bank data yang saat ini menjadi acuan untuk data genom virus SARS-CoV-2, pada Selasa (25/8).

Peneliti Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI Anggia Prasetyoputri mengatakan, SARS-CoV-2 merupakan virus yang memiliki materi genetik. Sehingga virus itu memiliki kemungkinan untuk mengalami perubahan atau mampu bermutasi dengan cepat.

Selain LIPI, LBM Eijkman dan Universitas AIrlangga juga telah berhasil mengurutkan sekuens genom utuh sampel virus SARS-CoV-2 penyebab Covid-19 dari Indonesia. Mereka juga sudah mengirim hasilnya ke GISAID.

(jps/fea)


[Gambas:Video CNN]
TOPIK TERKAIT
REKOMENDASI
LAINNYA DI DETIKNETWORK