Rumah Sakit Indonesia di Gaza menjadi salah satu target serangan Israel selama konflik. Israel menuding rumah sakit di Gaza, termasuk Rumah Sakit Indonesia menjadi lokasi persembunyian dan penyediaan bahan bakar untuk Hamas.
MER-C selaku pengelola Rumah Sakit Indonesia di Gaza membantah tuduhan Israel itu. MER-C menyebut bahan bakar Rumah Sakit Indonesia hanya digunakan untuk kebutuhan genset dan listrik untuk menangani korban di Gaza.