UGM Beberkan Fakta Mutasi Virus D614G di Indonesia

M. Ikhsan, CNN Indonesia | Selasa, 22/12/2020 14:17 WIB
UGM menyatakan telah menganalisis virus corona SARS-CoV-2 dengan mutasi D614G. Ilustrasi seseorang terkena Covid-19. (Foto: AP/Jae C. Hong)
Jakarta, CNN Indonesia --

Tim peneliti dari Universitas Gadjah Mada (UGM) menyatakan telah menganalisis virus corona SARS-CoV-2 dengan mutasi D614G. Hasil penelitian menunjukkan bahwa mutasi D614G telah mendominasi kasus positif di Indonesia hingga saat ini.

Studi yang dipimpin oleh Gunadi, Ketua Kelompok Kerja Genetika (Pokja Genetik), FKKMK UGM ini telah diterbitkan di Research Square pada 24 September 2020. Studi ini masih dalam pracetak dan belum ditinjau oleh rekan sejawat.

Tujuan utama dari penelitian disebutkan untuk melaporkan urutan genom penuh SARS-CoV-2 yang dikumpulkan dari empat pasien Covid-19 di Daerah Istimewa Yogyakarta dan Jawa Tengah.


Selain itu, penelitian itu untuk membandingkan distribusi clade urutan genom berdurasi penuh dari Indonesia sejak Maret-September 2020 dan melakukan analisis filologetik genom lengkap SARS-CoV-2 dari berbagai negara, termasuk Indonesia.

Tim peneliti menggunakan metode whole genome sequencing (WGS) dan menggunakan virus corona SARS-COV2 yang pertama kali dideteksi di Wuhan, yakni hCoV-19/Wuhan/Hu-1/2019. Untuk analisis filologetik, mereka mengumpulkan data 88 genom lengkap SARS-CoV-2 dari berbagai negara, termasuk Indonesia, yang tersedia di GISAID.

Hasilnya, peneliti menemukan tiga dari empat pasien memiliki mutasi D614G. Pasien yang memiliki mutasi D614G adalah perempuan berusia 83 tahun, perempuan 77 tahun, perempuan 55 tahun. Sedangkan yang tidak memiliki mutasi itu adalah perempuan 30 tahun.

Tiga pasien yang memiliki mutasi D614G didiagnosa menderita Covid-19 sedang dan pneumonia ringan. Sedangkan pasien tanpa mutasi hanya memiliki gejala ringan.

Lebih lanjut, tim peneliti juga membandingkan membandingkan 60 urutan genom dari Maret hingga September 2020. Berdasarkan data, 39 dari 60 genom virus (65 persen) mengandung mutasi D614G yang mewakili clade G (2), GR (7), dan GH (30).

"Dari Maret hingga April 2020, Clade L tampil dominan. Di sisi lain, terjadi peningkatan deteksi clade GH sejak April 2020 hingga saat ini," ungkap hasil penelitian itu.

Sedangkan analisis filogenetik seluruh sekuensing genom menunjukkan bahwa tiga sampel virus (EPI_ISL_525492, EPI_ISL_516800 dan EPI_ISL_516829) termasuk dalam klade GH dan berada di antara virus SARS-CoV-2 dari Asia (Indonesia, Vietnam, China, Singapura, Korea Selatan, Arab Saudi , India, Jepang) dan Eropa (Inggris dan Italia).

"Di sisi lain, satu sampel virus (EPI_ISL_516806) termasuk dalam clade L dan terletak di cluster dengan virus g SARS-CoV-2 terutama dari Asia (Wuhan, Malaysia, Indonesia, India, Uni Emirat Arab, dan Jepang)," kutip penelitian itu.

Penelitian mendalam perkembangan mutasi virus corona di Indonesia

Dalam analisisnya, Gunadi dkk menyampaikan temuan mereka sesuai dengan situasi di Indonesia yang menunjukkan bahwa selama pandemi awal Maret-April, hanya dua klad, yakni O dan L yang terdeteksi, dengan clade L terakhir lebih dominan ditemukan dari kasus Covid-19.

Namun, virus ini lebih sering terdeteksi daripada klad lainnya sejak deteksi pertama clade GH pada April 2020. Artinya peneliti perlu memperbanyak sampel untuk membuktikan peningkatan jumlah pasien Covid-19.

"Apakah ini berkorelasi dengan peningkatan jumlah Covid-19 baru-baru ini di Indonesia harus diselidiki lebih lanjut," kata Gunadi dkk.

Hal menarik dalam penelitian itu, kata pra peneliti adalah situasi serupa ditemukan di beberapa negara di Amerika Utara dan Afrika, yang juga mendeteksi lebih banyak strain virus SARS-CoV-2 milik clade GH daripada clades lainnya. Peningkatan deteksi SARS-CoV-2 menyampaikan mutasi D614G juga bersamaan dengan situasi global Covid-19 baru-baru ini.

Tim peneliti menyampaikan WGS sangat penting untuk menentukan varian dan klad virus, serta untuk memutuskan pendekatan klinis dan politik di tingkat regional dan lokal. Selain itu, perbedaan tingkat fatalitas dan penyebaran virus atau penularan di antara berbagai negara atau wilayah dipengaruhi oleh perbedaan dalam virus clade perlu dipelajari lebih lanjut.

"Studi lebih lanjut dengan ukuran sampel yang lebih besar diperlukan untuk menyelidiki apakah SARS-CoV-2 yang mendominasi yang membawa mutasi D614G disebabkan oleh efek pendiri atau mekanisme lain dan untuk mengeksplorasi peran mutasi D614G dalam patogenesis dan virulensi SARS-CoV-2," ujar Gunadi dkk.

(jps/mik)


[Gambas:Video CNN]
TOPIK TERKAIT
REKOMENDASI
LAINNYA DI DETIKNETWORK